Kväve avgår från naturgödsel i form av ammoniak. Ammoniak är en gas som lätt reagerar med vatten och bildar ammoniumjoner. Dessa återförs bl a genom nederbörden till marken. I Sverige bidrar naturgödseln med ca 80% av de totala utsläppen av ammoniak till luft. 10-15% av gödselns kväveinnehåll kan avgå till luften. Avgivningen av ammoniak från naturgödsel har blivit ett problem genom att det totala nedfallet av kväve (genom trafik mm) har ökat och nu i vissa delar av Sverige överskrider vad naturen tål. Det blir överskott på kväve i skogsmark som bidrar till skogsskador, liksom hög kvävebelastning i omgivande kustvatten, vilket resulterar i storskaliga förändringar på den naturliga floran och hot för många arter och naturtyper. Mer om detta finns i skriften.