Brandforsks verksamhet är indelad i programperioder som omfattar tre år. För varje ny treårsperiod tar en arbetsgrupp fram ett antal problemområden som skapar ramen för den forskning som brandforsk vill finansiera. Forskningsprogrammet för 2006-2008 är indelad i följande sju problemområden: värdering av brandskyddsåtgärder, människans och organisationens roll, brand i byggnadsverk, brand i transportmedel, aktiva brandskyddssystem, brand i industrier samt brand och miljö.